Doğu Roma İmparatorluğu tarafından 12. Yüzyılda inşa edildiği tahmin edilen 'Enez Ayasofyası' olarak da bilinen Enez Fatih Camisi, Fatih Sultan Mehmet'in 1456'da Taşoz, Limni, Semadirek adalarının beraberinde Cenevizliler'e ait Enez'i fethetmesi sonrası camiye dönüştürüldü.
Yapının güneydoğusunda mihrap, batısında minber yapıldı, dış tarafına da kesme taştan minare inşa edildi. Osmanlı döneminde 1700'lü senelerde birkaç kez tadilattan geçirilen caminin bir bölümü, 1965'teki depremde yıkıldı. Bu süreçte onarımı yapılmayan cami, bir müddet sonra büyük ölçüde zarar gördü.
Vakıflar Genel Müdürlüğü camiyi restorasyon 2015 senesinde programına aldı. Edirne Vakıflar Bölge Müdürlüğünün yürütmüş olduğu restorasyon kapsamında veri teşkil etmesi için sonik, sismik testlerin beraberinde, lazer tarama, malzeme analizleri ve dönemlemeleri yaptırarak detaylı araştırmalar yürütüldü.
Caminin rekonstrüksiyona dayalı restorasyon projesi Edirne Kültür Varlıklarını Koruma Bölge Kurulu tarafından onaylanması sonrası restorasyon çalışmalarına 2016 senesinde başlandı.
Caminin, 1. Derece arkeolojik sit alanı olan Enez Kalesi içerisinde yer alması sebebiyle çalışmalar çok büyük bir titizlikle yürütüldü.
Restorasyonun başında caminin temellerini açılarak güçlendirildi. Temel enjeksiyonlarından sonra sağlam beden duvarlarından başlamak üzere inşa çalışmalarına başlandı. Caminin tavanı ve kubbesi bütünüyle kapatıldı. Ayrıca caminin içindeki ısıtma ve soğutma sistemleri kuruldu, zeminin mermer döşemesi yapıldı.
İmalata başlamadan evvel caminin harim kısmında yerde bulunan ve numaralandırılarak çıkarılan özgün döşeme taşları da yerlerine döşendi. Geri kalan açık yerlerde de yeni mermerler kullanılarak döşeme yapıldı.
Caminin çevresinde seneler içerisinde oluşan toprak kotu da temizlendi.
1965 senesinden bu yana 56 senedir kapalı olan caminin vakfiyesine uygun biçimde eylül de hem ibadete hem de ziyarete açılması düşünülüyor.